1. 细胞周期激酶CDK1去乙酰化调控结直肠癌细胞外囊泡分泌的机制探究，国家自然科学基金面上项目（82472699），49万元，2025/1-2028/12，主持。
2. 多物种蛋白质/多肽组精准从头测序应用研究，国家重点研发计划重点专项项目课题（2022YFA1304604），584.8万元，2022/12-2027/11，主持。
3. 蛋白质修饰组的高维度鉴定及其功能网络，国家重点研发计划重点专项项目（2017YFA0505100），3124万元，2017/7- 2022/6，主持。
4. 细胞周期调节因子KCTD12的发现及其调控机制，国家自然科学基金面上项目（31770888），60万元，2018/1- 2021/12，主持。
5. 人类新蛋白UBAP1-AST6的发现及其功能研究，国家自然科学基金面上项目（31570828），62万元，2016/1- 2019/12/1，主持。
6. 功能蛋白质研究与抗癌药物靶标发现，广东省自然科学基金团队项目（S2013030013315），200万元，2013/10/1- 2018/10/1，主持。