1、污染环境生物修复技术：主要通过筛选高效降解有机污染物的微生物菌株和合成微生物菌群，优化降解条件，研究其降解性能、途径及机理，包括关键降解基因的筛选和功能验证等。研究土壤微生物群落结构和功能及其对有机污染物消减的影响及机理，构建污染土壤的生物修复技术及农艺强化措施。
2、土壤有机污染与农产品安全：主要研究土壤-作为系统有机污染物如塑化剂邻苯二甲酸酯(PAEs)、多环芳烃、壬基酚等的污染特征、环境行为(生物富集、迁移转化、吸附/解吸、降解作用)。筛选低累积有机污染物的作物品种，研究高、低累积作物品种形成的生理生化机制、分子生物机理、微生物介导机制等，构建保障农产品安全的“边生产边修复”技术体系并阐明其原理。
3、有机固体废物处理与利用技术：主要研究城市污泥有机污染物的污染特征、去除技术及机制，探讨污泥堆肥新工艺、污泥堆肥生产多功能基质的方法，包括高值化利用城市污泥及堆肥的方法和技术等。