金石开教授本科毕业于浙江大学竺可桢学院，博士期间在美国莱斯大学从事计算生物学研究。2023-2025年间，在美国旧金山湾区以病毒学研究为主的头部跨国药企吉利德科学（Gilead Sciences）从事AI驱动的抗体研发与临床试验相关工作。金石开教授擅长运用人工智能先进模型解决大分子设计和临床试验中的关键问题。研究主要集中于利用分子动力学模拟（Molecular Dynamics Simulation）以及卷积神经网络（Convolutional Neural Network）、Transformer等深度学习架构，分析蛋白质折叠机制及蛋白质结构-功能关系，相关论文发表于Nature Chemical Biology、Nature Communications 和PNAS等知名期刊。回国前共参与发表论文近20篇，曾获国家优秀自费留学生奖学金、“春晖杯”创新创业大赛优秀成果奖等多项国家级奖励。

2013.9-2017.6，浙江大学竺可桢学院生命科学专业，本科

2017.8-2023.5，美国莱斯大学（Rice University）计算机科学专业，硕士

2017.8-2023.5，美国莱斯大学（Rice University）生物化学与细胞生物学专业，博士

2023.5-2025.12，吉利德科学（Gilead Sciences），数据科学家（高级经理级别）

2026.1-至今，暨南大学生命科学技术学院，教授

1. AI驱动的新药发现与分子设计

本课题组致力于发展面向新药研发的人工智能方法，重点关注蛋白质药物、多肽药物、小分子调控剂和别构抑制剂的智能设计。研究将结合生成式模型、蛋白语言模型、分子动力学模拟和结构生物学信息，推动从靶点识别、结合位点发现到候选分子优化的一体化药物设计流程。

2. 蛋白质结构、动力学与功能机制建模

蛋白质功能不仅由静态结构决定，也受到构象变化、动态别构和局部能量景观的调控。本课题组将发展融合物理规律与深度学习的计算模型，用于解析蛋白质折叠、蛋白质-配体相互作用、蛋白质-核酸识别以及翻译后修饰对功能调控的影响，为复杂生物体系的机制研究和药物设计提供理论基础。

3. 面向实体瘤的CAR-T靶点发现与细胞治疗智能设计

围绕实体瘤CAR-T治疗中靶点特异性不足、肿瘤微环境抑制和临床转化效率有限等关键问题，本课题组将构建多智能体和多组学驱动的靶点发现平台。研究将整合单细胞组学、转录组学、蛋白结构功能分析和安全性评估，系统筛选更具治疗潜力和临床可转化性的细胞治疗靶点。

4. AI辅助临床试验与智能实验基础设施

本课题组还同时关注人工智能在药物研发后端和实验体系中的应用，包括临床试验设计优化、患者招募与队列筛选、真实世界数据分析，以及细胞与基因治疗实验中的主动数据采集和自动化质控。通过连接算法、实验平台和临床数据，推动AI模型从计算预测走向可验证、可追踪和可转化的研发闭环。

[1] Jin S, Bueno C, Lu W, Wang Q, Chen M, Chen X, Wolynes PG, Gao Y^*. Computationally exploring the mechanism of bacteriophage T7 helicase translocating along ssDNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022; 119(32):e2202239119. doi: 10.1073/pnas.2202239119

[2] Jin S^#, Chen M^#, Chen X^#, Bueno C, Lu W, Schafer NP, Lin X, Onuchic JN, Wolynes PG^*. Protein structure prediction in CASP13 using AWSEM-Suite. J Chem Theory Comput. 2020; 16(6):3977-3988. doi: 10.1021/acs.jctc.0c00188 (Cover Story)

[3] Yang S^#, Jin S^#, Zhang M^#, Chen Y, Guo Y, Hu Y, Wolynes PG^*, Xiao H^*. Real-time imaging of protein microenvironment changes in cells with rotor-based fluorescent amino acids. Nat Chem Biol. 2026; 22(1): 97-108. doi: 10.1038/s41589-025-02003-1

[4] Chen X^#, Jin S^#, Chen M^#, Bueno C, Wolynes PG^*. The marionette mechanism of domain-domain communication in the antagonist, agonist and coactivator responses of the estrogen receptor. Proc Natl Acad Sci U S A. 2023; 120(6):e2216906120. doi: 10.1073/pnas.2216906120

[5] Xu L^#, Jin S^#, Urem M, Chen X, Lee S-J, Lamers MH, Wolynes PG^*, Wuite GJL^*. DNA polymerase actively and sequentially displaces single-stranded DNA-binding proteins. Nat Commun. 2025; 16(1):7431. doi: 10.1038/s41467-025-62531-1

^#代表共同第一作者，^*代表共同通讯作者

[1] 广东省科协青年科技人才培育计划：AI辅助的线粒体能量代谢调控蛋白药物设计（2026-2028）

生物信息学（本科生）

2026.3-至今，广东省生物物理学会，理事